基本法委員會委員饒戈平建議特區政府和內地就廣深港高鐵實施「一地兩檢」訂定協議,再由全國人大常委會決定。有泛民議員認為不可行,有全國政協提出分別於深港兩地實行「一地兩檢」。
公民黨黨魁梁家傑反對饒戈平建議,認為以兩地協議方式解決高鐵「一地兩檢」爭議不可行:「如果中央和特區政府可以憑一紙協議去改動《基本法》的話,那麼《基本法》的條文對我們又有甚麼保障呢?」
在北京,本身是資深大律師的全國政協委員胡漢清向大會提案,建議分別在西九總站和深圳分別實施「一地兩檢」。
北行的乘客可以在西九高鐵總站先後辦理出境香港和入境內地手續,內地可以拒絕不歡迎的人上車。南行的乘客則在深圳北站下車,先辦理內地出境手續,再預先辦理入境香港手續。
不過,香港要容許內地人員來港,深圳方面亦要讓香港官員到深圳執法,但胡漢清表示,只要清楚界定內地人員在西九總站沒有拘留及扣押入境人士的權力:「我們覺得『一地兩檢』可以彈性處理。『一地兩檢』不一定全部要在西九(進行),亦不一定全部要在深圳北,你可以北上和南下在上車前處理。」但他指如果要兩地都要互派人員,需要較多人手和空間。