根據政府的計劃,皇后碼頭重置後,會維持「碼頭」的功能。有保育人士堅持原址重置,去保留碼頭與附近建築群的歷史意義。
大會堂門口,幾年前是岸邊,現在已離岸頗遠。有當年反對拆卸皇后碼頭的保育人士和學者,現在仍然要求原址重置,他們指要保衛的不是碼頭本身,而是碼頭跟大會堂、天星碼頭,及愛丁堡廣場組成的建築群及公共空間,所蘊含的歷史意義。
香港大學人文學院比較文學系助理教授司徒薇表示:我們所有國際的公約,講保育的最基本準則,就是在原址,然後原本的歷史脈絡,可以重新被見到、被閱讀。因為如果功能性,你隨便建造一個碼頭都可以代替原本的功能,所以我們重置的理由不是為了功能。如果不(原址)重置,他只會加一段新政府,對我們的傷害的歷史下去。你消滅了一個地方,消滅本身會變成歷史的一部分。
保育人士批評政府拒絕原址重置,是為了遷就在該處興建P2道路,不需要因為「多了」皇后碼頭,而要更改設計。
不過當年的意見也有分歧,中環新海濱專責小組傾向原址重置,公眾諮詢的結果就多數支持「搬回」海邊。當時的發展局局長林鄭月娥就決定採納大部份市民的意見,即是在中環九號和大號碼頭之間重組皇后碼頭,恢復碼頭功能。