九月中超強颱風「山竹」襲港期間，西貢污水處理廠有設施受損，政府表示附近水質未有明顯轉差。 西貢污水處理廠在「山竹」襲港後，只能維持一級污水處理功能。環境局回覆立法會議員書面提問，指當局正加緊加建臨時設施，預計年底可恢復二級污水處理功能。 由於當時已採取附加消毒等程序，根據水質監測，鄰近污水處理廠三個泳灘，包括橋咀泳灘、三星泳灘等水樣本的大腸桿菌含量，基本維持正常範圍。
