港珠澳大橋澳門口岸設有港澳旅檢大廳及珠澳旅檢大廳。 其中在珠澳旅檢大廳,兩地邊檢人員首次採取「合作查驗、一次放行」的新模式,將查驗設施放置在兩地分界線上,提高通關效率。 不過在大橋開通初期,珠澳旅檢大廳只會由早上八點開放到晚上十點。 至於香港旅客自駕到澳門,如果無兩地車牌,可申請「口岸泊車轉乘計劃」,將車停在澳門口岸東停車場,有3000個車位,目前已有超過一千人登記。